医疗废水主要包括医院诊所各个科室、个人集体病房、集中洗衣房的排水；医院行政管理和医务人员的生活污水；医院里食堂、宿舍的污水等。这些污水来源不同，因此所含的成分十分复杂，含有大量的病原体、病毒以及重比例的化学药剂，对空气、水体等会有很严重的污染，同时也会造成病毒疾病的传播。
目前看，好多医院和诊所（特别是诊所）并没有对危害性严重的医疗废水进行合理地处理，忽略了医疗废水的危害性。与工业废水来比较，医疗废水对环境的危害影响更大。医院诊所在日常的运行中，难免会产生传播性、感染性、危害性的废水废物，直接排放到城市下水道，会造成城市生活生产用水以及土壤的污染，同时也会散播污水中含有的病毒，引起传染病的爆发。
医疗废水排入厂区原有化粪池处理后通过排水管网进入格栅渠，通过隔离剂去除大部分悬浮物以及大型颗粒物，进入调节池对废水的水质进行调节，出水在污水泵的作用下依次进入缺氧池和好氧池，通过厌氧微生物和好氧微生物的共同作用，让大部分有机污染物在生化池内得到去除，出水通过卧螺离心机进行泥水分离，上清液依次经过深度过滤和消毒后达标排放，污泥外运做其他处理。
由于医疗废水所含有的成分复杂，包含生物、微生物以及物理化学废弃物等，因此在处理过程上也是比较复杂和特别的。在处理过程中必须对医疗废水的源头、流转、处理、排放进行全程的监控控制，源头抓好，才能熟知成分，确立流向才能确保没有遗漏，数据监控确保处理效果，合理排放保证安全零污染。